Ciao Andrea,
bella la tua idea...beh posso iniziare io a dare il mio modesto contributo su alcuni sw che ho provato sul mio sistema (Debian Lenny 64bit con librerie a 32 compilate).
* Registax: la versione 5.0 per Linux gira, la 5.0 per windows emulata wine gira. Entrambe però diverse volte sono andate in crash, motivo per cui uso la versione 4.0 per windows emulata wine.
*Reduc: versione per windows emulata wine, nessun problema.
*Skychart, uso l'ultima versione per Linux, tutto bene a parte qualche inconveniente con alcuni tipi di cataloghi: il wds lo legge tranquillamente, l'NGC no...

*Prism: ho scaricato la versione di prova per vedere com'era, lo emulo con wine senza problemi.
*Virtual Atlas of Moon: la versione Linux non mi carica nessun catalogo ed è impossibile visualizzare qualsiasi informazione sulle formazioni lunari. Emulando la versione windows si risolve questo problema, le texture si caricano tutte tranne la LOPAM Photographic.
Altri programmi che uso da Linux e che non mi danno nessun problema: Kstars, Stellarium. Come dice gaeeb ho provato anche wxAstroCapture e mi gira bene...però sul pc fisso dove ho linux...in ripresa uso un portatile con sopra winzoz e per ora sto continuando a usare GigiWebCapture: motivo, wxAstroCapture lo faccio girare sotto linux ma su windows mi da errore di installazione...e non avendo voglia di sclerare ho lasciato semplicemente perdere per ora..

Saluti
Francesco