Se hai seguito la procedura sopra è normale che non siano allineate, infatti non c'è scritto di farlo
Come ti dicevo IRIS fa tutto quello che gli dici di fare SOLO se glielo dici, quindi prima di sommarle le devi allineare.
Sicuramente esiste un sistema migliore di quello che ti suggerisco io, pensandoci ho trovato questa soluzione.
A memoria (non ho sottomano iris adesso) c'è forse un piccolo ostacolo da superare, quello dei nomi.
Infatti normalmente iris rinomina i files dopo ogni procedura col nome che hai deciso di dargli e aggiungendo un numero. Per esempio se, quando hai sottratto i dark, hai messo come nome m31dark lui creerà m31dark1, m31dark2, m31dark3, ecc . Quando poi gli dirai di allinearli darai il nome m31dark come file da allineare e, in basso, il numero di files da trattare. Per esempio, se gli metti 10, lui tratterà tutti i files denominati da m31dark1 a m31dark10 compreso.
Nel tuo specifico caso, quando sottrai i dark, devi stare attento a non dare lo stesso nome ai files da 4 minuti e quelli da 8 minuti, altrimenti lui ti sovrascrive quelli che hai fatto prima (penso, a dire il vero non ne sono sicurissimo). Quindi dagli un nome diverso (tipo m31dark4 per quelle da 4 min e m31dark8 per quelle da 8 min).
Una volta che le hai normalizzate tutte avrai m31dark41,42,43,44 e m31dark81,82,83,84,85. Il problema è che per poterle allineare dovrebbero avere tutte lo stesso nome, quindi ti tocca rinominarle. Il nome é indifferente, l'importante é che finiscano con una sequenza di numeri da 1 a 9. Per es m31dark1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9.
A questo punto apri il menu "processing" e selezioni "stellar registration". Come input name gli metti m31dark (o quello che hai scelto tu) come output per esempio m31darkallin e poi su "number" gli metti il numero dei files da allineare (nel tuo caso mi pare 9). Scegli "three matching zones" e dai l'OK (e aspetti

).
Quando avrà finito potrai finalmente sommare i files che si chiameranno, per es., m31darkallin ... sembra complicato ma in realtà non lo é (non troppo insomma).
Ti consiglio di scegliere una cartella dove fare tutto il lavoro (sotto files/settings) in modo che una volta che hai finito puoi eliminare tutti i files .pic che non ti servono più. Se ad ogni passaggio metti un nome nuovo la cartella si riempie di files e in un attimo occupa un paio di giga come niente
Ciao