Visto che mi avete chiamato cerco di creare ulteriore confusione in materia.
Il flat è un'operazione matematica con la quale si divide il valore del pixel dell'immagine e il valore corrispondente del pixel del flat moltiplicando poi il risultato per il valore della media di tutti i pixel del flat.
Se ci ragioniamo sopra capiamo così come funziona e possiamo cercare di vedere cosa può essere andato storto.
Di regola l'applicazione del flat non deve dare questo risultato per cui se la cosa si verifica probabilmente possono entrare in gioco altri fattori di cui non si è a conoscenza o che non sono stati erroneamente considerati.
Una cosa che possiamo fare in questi casi è salvare le singole immagini calibrate (DSS lo consente e io spesso ho utilizzato questo trucco per bypassare i limiti del drizzle. Ma questa è un'altra cosa

)
Se vai ad analizzare le singole immagini calibrate puoi verificare se ci sono problemi sulla singola immagine o meno.
Se le singole immagini sono "abbastanza" sane il problema non è nel flat ma negli step successivi.
Spesso ho avuto problemi con vari software sia per le calibrazioni sia per l'allineamento o per qualsiasi altro motivo.
L'importante è conoscere cosa viene fatto nei vari step in quanto questa conoscenza aiuta a escludere molte ipotesi e a concentrarsi su poche che quasi sempre portano alla soluzione logica.
Per cui ti consiglio di salvare le immagini calibrate applicando una prima volta solo il dark, una seconda solo il dark e il flat, poi con dark, flat, dark del flat e l'ultima usando anche il bias, se ce l'hai.
In questo modo puoi confrontare le 4 tipologie di segnale e se, come penso, le differenze saranno principalmente in un po' di sporco e un po' di rumore (il flat introduce rumore, non dimentichiamolo) allora sarà stato fatto un notevole passo avanti.
Io ho già alcuni indizi in testa ma aspetto prima che vengano fatte queste verifiche per esprimermi