E ancora dithering!
Ho avuto/ho un problema simile ed ho constatato 2 cose:
1) a stessa foto, se applico dark diversi, ottengo appunto questi pixel caldi (e tiepidi...).
2) nella stessa sessione, il masterdark cambia adattamento in modo compatibile, secondo me, a variazioni di temperatura della serata (combinate col peltier), cioe' vedo che le prime foto rimangono con molti hotpixel, poi la peltier penso sfreddi (prendo i dark alla fine), e i dark fanno il loro lavoro bene, poi piccole variazioni casuali e sempre graduali. Non ho mai una singola foto diversa (con/senza hotpixel) in mezzo a due di tipo opposto, c'e' sempre gradualita'.
Insomma sospetterei che in un qualche modo, i dark non siano alla fine quelli veramente giusti per quegli specifici light, pur dentro la stessa sessione.
Esempio: hai fatto caso se questo problema si amplifica se la serata e' variabile (e magari sul caldo quindi con acclimatamento sia del tubo che di un ambiente circostante)?