non mi è ben chiara la tua perplessità

comunqe se la montatura è ben allineata al polo tutto cio' che ci metti sopra (sia tele guida sia tele di ripresa) sarà sopra una montatura ben allineata al polo

cosa fa il software di guida allora? innanzitutto corregge eventuali disallineamenti al polo (che ci saranno sempre) e, in questo caso, tanto piu' la stella di guida è lontana dal soggetto di ripresa tanto maggiore sarà la rotazione di campo.
se, per asursso, l'allineamento fosse perfetto, allora la guida avrebbe solo il compito di correggere eventuali "problemi" della montatura (per esempio giochi, per esempio l'EP....)
come fa a sapere in che modo deve muovere gli assi il sw? semplice, all'inizio della sessione di guida fai una calibrazione che "spiga" al sw quale effetto avranno i suoi comandi sul movimento della stella

(spero di aver risposto alla tua domanda anche se, ripeto, non sono sicuro di aver compreso il problema)