Magari qualcuno poteva anche non avere letto il post.
I file RAW utilizzano una codifica "senza perdita di informazioni" che compatta e rigenera le immagini
Ovviamente ogni marca (ma direi ogni tipo di sensore all'interno delle marche) usa un sistema diverso di codifica.
Quando converti da raw in altro formato operi una elaborazione dell'immagine in quanto per avere l'immagine a colori devi comunque interpolare.
Infatti il sensore della canon 350D, per fare un esempio, ha sì 8 Mpixel ma di questi 4 Mpixel hanno un filtro verde davanti, 2 lo hanno rosso e 2 lo hanno blu
Ma l'immagine che poi vedi ha 8 Mpixel per ogni colore. Come mai? Perché viene interpolato il pixel mancante dalle informazioni dei pixel adiacenti.
Per cui se vai a interpolare "prima" di applicare dark e flat o se interpoli "dopo" puoi avere dei risultati diversi. Ma anche il programma stesso di debayerizzazione (cioè trasformazione dal file raw con matrice di Bayer a un file in tricromia in bitmap) può usare algoritmi diversi di interpolazione.
Perciò puoi usare un metodo o un altro. A tua discrezione.
Quello che ti torna più comodo o che ti piace di più. Tanto in un caso o in un altro l'immagine sarà sempre "elaborata" rispetto all'originale.