Meglio alla fine del processo a mio avviso, quando hai già stretchato un po' l'immagine, così lo identifichi anche meglio.
L'opzione di MaximDL, flatten background (ferro da stiro) lavora discretamente se la situazione non è un disastro. Usala in manuale indicando i punti del background "presunto".
Altrimenti anche GradientXterminator di Russel Crowman, specie su oggetti isolati (ma questo vale un po' per tutti).
Oppure processi manuali in photoshop, per esempio del tipo spiegato dal caro Alessandro Maggi qui.
http://astrosurf.com/maggialex/Processing.htme ci trovi anche qualche bella foto di oggetti tipo Mission Impossible...
http://astrosurf.com/maggialexAnche IRIS credo sia molto indicato, ma non lo conosco.
Un caro saluto, paolo