Mi associo alla domanda, stesso strumento, ed, entro l'estate, stessa camera di ripresa... ...e spero anche stesso tipo di risultati!
Qualche risposta me la sono data: ti scrivo il procedimento che pensavo di usare io (che potrebbe essere sbagliato, e che sottopongo a revisione di chi sul forum ne sa molto più di me).
Riprendi i 4 filmati con i 4 filtri diversi, integri uno ad uno i 4 filmati usando il software che preferisci (nel mio caso userò Astro IIDC, per mac). Poi sommi i 4 canali. Infine, se opportuno, elabori il risultato finale.
Per la parte di somma dei canali ed elaborazione puoi usare vari software grafici (Gimp, Photoshop, oppure, nel mio caso, Graphic Converter), con cui puoi unire i canali, gestendoli su più livelli e bilanciandoli, ed intervenire poi su luminosità e contrasto dell'immagine finale.
Per quel che riguarda l'integrazione dei 4 filmati non ti so aiutare molto, non ho esperienza di uso dei software che solitamente si accompagnano alle riprese con camera CCD. Se ti servono indicazioni su come fare a sommare i 4 colori con i software che ho elencato posso scriverti la procedura da seguire.